A bacia do Juruena conta com 10 etnias indígenas diferentes: Apiaká, Kayabi, Munduruku, Enawenê Nawê, Rikbaktsa, Paresi, Manoki, Myky, Nambikwara, Bakairi e com a presença de um povo isolado, isto é, ainda sem contato.
São aproximadamente 5.000 indígenas, que vivem em 12 Terras Indígenas. Juntos, estes povos protegem 5.163.298,50 de hectares de florestas e rios. Veja as Terras Indígenas do Juruena no mapa abaixo:
